#19 — ontologi microRNAs list

State	Resolved
Area	Non Coding RNA
Issue type	Fast question
Severity	Medium
Submitted by	FIORENZANO ALESSANDRO
Submitted on	Oct 06, 2014
Responsible	Roberta Esposito

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Ciao,
vi scrivo perchè dovrei fare un analisi di ontology/KEGG pathways di una lista di microRNAs ottenuti da un'analisi di microarray.
Grazie per l'aiuto

Added by Roberta Esposito on Oct 06, 2014 11:03 AM

Ciao Alessandro,

avrei bisogno di più dettagli per poterti aiutare, ma potresti provare il tool miRPath sviluppato dal DIANA lab http://diana.imis.athena-innovation.gr/[…]/index .
Come input devi fornire un lista di miRNA (uno per riga, e secondo la nomenclatura mirBase 18, ovvero nel formato hsa-miR-1271-5p), e puoi scegliere di usare come filtro opzionale una lista di geni.
Spero di esserti stata utile, scrivi ancora per ulteriori chiarimenti.

Roberta

Added by FIORENZANO ALESSANDRO on Oct 06, 2014 02:29 PM

grazie mille Roberta!
Si tratta di una lista di microRNA che risultano differenzialmente espressi in cellule wt/KO per il gene che stiamo studiando. Ho provato ad utilizzare il tool che mi hai suggerito ma non riesco ad inserire , uno per riga, i miR della lista (come se il sistema mi desse la possibilità di inserire solo un miR per volta).

Added by Roberta Esposito on Oct 06, 2014 03:05 PM

Responsible manager: (UNASSIGNED) → espositor

Dove trovi la voce "Add miRNAs:" puoi o inserire un solo microRNA, oppure caricare la lista di tutti i tuoi miRNA differenzialmente espressi in un file di testo (.txt. Attenzione, non accetta file word o excel), nel formato che ti ho indicato prima.
Per fare questo, dopo aver scelto l'organismo, clicca sul testo "upload a file" sulla stessa riga. Successivamente clicca sulla voce "scegli file", seleziona il tuo file da caricare, ed infine, clicca su upload.
Il tool ti permette di inserire anche i valori di Fold Change (FC). In questo caso, il file che caricherai in input dovrà essere così fatto: nome_del_miRNA|Valore_di_FC (es. hsa-miR-1271-5p|2.021).
Per ulteriori chiarimenti chiamami al 258.

Roberta

Added by Roberta Esposito on Jan 29, 2015 04:27 PM

Issue state: Unconfirmed → Resolved

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